Es war der Regierende Bürgermeister von Berlin, Willy Brandt, der unter dem Eindruck des Mauerbaus anregte, das Unrecht der DDR-Regierung künftig zu dokumentieren. Vorbild dafür solle die Zentrale zur Verfolgung von NS-Verbrechen in Ludwigsburg sein. Die Umsetzung des Vorschlags erfolgte zügig. Am 24. November 1961 nahm die „Zentrale Erfassungsstelle der Landesjustizverwaltungen“ in Salzgitter ihre Arbeit auf. Ihr Hauptaugenmerk galt der Registrierung von Tötungsdelikten an der deutsch-deutschen Grenze und der Einleitung von Vorermittlungsverfahren. Die Untersuchungen waren jedoch mühsam, und nur selten konnten die Täter vor ein bundesdeutsches Gericht gestellt werden.
Dennoch war die Erfassungsstelle den Machthabern der DDR ein Dorn im Auge. Alle dort tätigen Staatsanwälte konnten sich einer mehrjährigen Haftstrafe gewiss sein, hätten sie der DDR je einen Besuch abgestattet. Erich Honecker selbst forderte wiederholt die Schließung der „Spionagezentrale“, so in seiner Geraer Rede im Oktober 1980. Auch einige SPD-Politiker sahen zuletzt in der Zentrale ein Relikt des Kalten Krieges und forderten die Schließung.
Am Ende der DDR hatte die Dienststelle 199 Tötungsdelikte, 2700 Misshandlungen, 2900 Verschleppungen und rund 30 000 Unrechtsurteile erfasst. Die strafrechtliche Aufarbeitung der DDR-Vergangenheit anhand der Stasi- und Parteiakten in den 1990er Jahren zeigte indes, dass selbst diese Zahlen nur die Spitze des Eisberges waren.
