Der Lehrbetrieb mit 489 Studenten hatte bereits im März begonnen, doch die offizielle Eröffnung fand am 26. Juni 1472 statt: Mit der Hohen Schule zu Ingolstadt, gegründet mit päpstlicher Erlaubnis von Herzog IX. dem Reichen von Bayern-Landshut, bekam Altbayern seine erste Universität in der ehemaligen wittelsbachischen Residenzstadt. Die Hohe Schule war nicht nur ein Prestigeobjekt, sondern diente als Schmiede für Bayerns künftige Beamte. Und sie wurde, wie sich bald zeigen sollte, zum geistigen Zentrum während der unruhigen Zeiten der Gegenreformation, als die Universität ihre Blüte erlebte.
Denn nachdem um 1500 bereits Humanisten wie Conrad Celtis, Jakob Locher und Johannes Aventinus dort gewirkt hatten, waren es seit der Mitte des 16. Jahrhunderts die Jesuiten, die die Ausrichtung der Universität maßgeblich bestimmten. Auf Bitte von Herzog Wilhelm IV. von Bayern hatte der Ordensgründer Ignatius von Loyola drei Jesuiten nach Ingolstadt entsandt, darunter Petrus Canisius aus Nimwegen, der Rektor der Universität wurde. Der Einsatz der Jesuiten war hochpolitisch: Wilhelm IV. und sein Enkel und Nachfolger kämpften entschlossen für den katholischen Glauben in Bayern, wofür ihnen die Jesuiten nicht zuletzt von Ingolstadt aus die Munition liefern sollten.
